Viešoji įstaiga "Lietuvos aplinkos apsaugos investicijų fondas" (toliau - LAAIF) buvo įsteigta 1996 m. lapkričio mėn.11 d. remiantis Lietuvos Respublikos viešųjų įstaigų įstatymu. Bendrus LAAIF darbo aspektus apibrėžia LAAIF įstatai. LAAIF steigėjas – Lietuvos Respublikos aplinkos ministerija. 
LAAIF įsteigimą rėmė Europos Komisija, skyrusi LAAIF 3 mln. eurų kapitalą ir techninę pagalbą, bei Jungtinių Amerikos Valstijų tarptautinės plėtros agentūra, skyrusi LAAIF keliasdešimt tūkstančių JAV dolerių techninę pagalbą.

Lietuvos Respublikos aplinkos ministerija įkūrė kolegialų organą - Priežiūros tarybą, kurios sudėtyje yra 11 narių, atstovaujančių vyriausybines ir nevyriausybines institucijas. Priežiūros taryba nustato LAAIF teikiamos paramos prioritetus, priima sprendimus dėl konkrečių projektų finansavimo, be to, aprobuoja LAAIF sąmatą, veiklos ataskaitas, veiklos planus ir pan.

LAAIF pagrindinis uždavinys yra remti visuomeninį ir privatų sektorius, įgyvendinant aplinkos apsaugos projektus, mažinančius neigiamą ūkinės veiklos įtaką aplinkai, atitinkančius Lietuvos Respublikos aplinkos apsaugos strategiją.

Investicinius projektus LAAIF remia lengvatinių paskolų ir subsidijų forma. Kokiam projektų teikėjų tipui ir kokiai aplinkosauginei investicijų sričiai taikomos minėtos finansavimo rūšys, kiekvienais metais nustato LAAIF Priežiūros taryba.
LAAIF aukščiau minėtomis formomis finansuoja Lietuvos Respublikoje nustatyta tvarka įregistruotų ir vykdančių ūkinę veiklą juridinių asmenų aplinkosauginę naudą duodančius investicinius projektus, kurių įgyvendinimas mažina neigiamą ūkinės veiklos įtaką aplinkai.
Remiami tik aplinkosauginio efekto tęstinumą užtikrinantys projektai.
Pagrindinis LAAIF lėšų šaltinis – nuo 2000 metų Mokesčio už aplinkos teršimą įstatymo pagrindu į LAAIF mokami 20 proc., o nuo 2003 m. sausio 1d. – 30 proc.  mokesčių už taršą. Tai sudaro apie 12 mln. litų per metus. PHARE kapitalo dotacija – antras svarbus LAAIF finansinis resursas. LAAIF gavo 11,5 mln. litų PHARE lėšų.
Investiciniams projektams finansuoti skirtas subsidijas LAAIF išduoda per komercinius bankus ir lizingo bendroves, o lengvatines paskolas - per kreditines įstaigas, kurios prisiima paskolos grąžinimo riziką  bei savo lėšomis prisideda prie projektų finansavimo.

Lietuvos Respublikos Seimui ratifikavus Jungtinių Tautų bendrosios klimato kaitos konvencijos Kioto protokolą (Žin., 2002, Nr. 126-5728), LAAIF pradeda vystyti antrąją, naują veiklos kryptį. LR aplinkos ministro įsakymu (2003 12 02 Nr. 607) LAAIF pavesta vykdyti JTBKKK Kioto protokolo mechanizmų bei su tuo susijusių ES teisės aktų reikalavimų įgyvendinimą.
Lietuvos Respublikos aplinkos ministro įsakymu „Dėl Šiltnamio dujų apyvartinių taršos leidimų išdavimo ir prekybos jais tvarkos aprašo patvirtinimo“ (Žin., 2004, Nr. 78-2764) LAAIF pavesta tvarkyti ir administruoti steigiamą Šiltnamio dujų registrą, kurio įsteigimas reglamentuojamas LR aplinkos ministro įsakymu „Dėl Šiltnamio dujų apyvartinių taršos leidimų registro įsteigimo“ (Žin., 2005 Nr.64-2319). LAAIF įgauna registro tvarkymo įstaigos funkcijas.