Klimato kaitos specialioji programa buvo įsteigta siekiant sukurti atskirą programą už taršos leidimų pardavimų gautoms lėšoms rinkti ir klimato kaitos padarinių švelninimo projektams finansuoti, vadovaujantis 2009 m. liepos 7 d. Lietuvos Respublikos klimato kaitos finansinių instrumentų įstatymu, kuriuo reglamentuojama prekyba apyvartiniais taršos leidimais (ATL) ir Kioto vienetais, tarp jų ir nustatytosios normos vienetais (NNV).

Į Klimato kaitos specialiosios programos sąskaitą patenka lėšos, gautos už perleistus NNV ir aukcione parduotus ATL, taip pat surinktos ekonominės baudos, savanoriškos ir kitos lėšos. Programos lėšomis finansuojami projektai, kurie susiję su klimato kaitos padarinių švelninimu (išmetamų šiltnamio efektą sukeliančių dujų kiekio sumažinimu) ir prisitaikymu prie klimato kaitos pokyčių.

Klimato kaitos specialiosios programos lėšų naudojimo tvarkos aprašas, patvirtintas Lietuvos Respublikos aplinkos ministro 2010 m. balandžio 6 d. įsakymu Nr. Dl-275 „Dėl Klimato kaitos specialiosios programos lėšų naudojimo tvarkos aprašo patvirtinimo“ (Žin., 2010. Nr. 42-2040), nustato lėšų panaudojimo tvarką, pagal šią Programą finansuojamų projektų atrankos, finansavimo, stebėsenos ir ataskaitų teikimo reikalavimus, už techninių funkcijų vykdymą atsakingos institucijos, atliekančios Programos lėšomis finansuojamų projektų paraiškų surinkimą, vertinimą ir priežiūrą, teises ir pareigas.

Programos lėšos naudojamos vadovaujantis kiekvienais metais tvirtinama Programos lėšų naudojimo sąmata, kurios projektą parengia Aplinkos ministerija. Metinės sąmatos projektas yra apsvarstomas su Nacionaliniu klimato kaitos komitetu ir Seimo Aplinkos apsaugos komitetu. Joje nurodomos programos investavimo sritys ir joms skiriama lėšų suma. Patvirtinus metinę sąmatą, tvirtinamas metinę sąmatą detalizuojantis planas, kuriuo nustatomas lėšų paskirstymas konkrečioms finansavimo priemonėms ir kitos finansavimo sąlygos. Po sąmatos ir metinio plano patvirtinimo Lietuvos aplinkos apsaugos investicijų fondas parengia ir skelbia kvietimus teikti paraiškas pagal tų metų numatytas finansavimo priemones.