2003 metų spalio 13 dieną  buvo priimta Europos Parlamento ir Tarybos direktyva 2003/87/EC , nustatanti prekybos šiltnamio efektą sukeliančių dujų išmetimo apyvartiniais taršos leidimais sistemą Bendrijoje.

Pagal šią direktyvą nei vienos ES valstybės (tame skaičiuje ir Lietuvos) nustatytų ūkio šakių įmonė negalės vykdyti veiklos, susijusios su anglies dvideginio emisijomis, nepateikusi atitinkamo kiekio apyvartinių taršos leidimų. Apyvartiniai taršos leidimai įmonėms yra nemokamai paskirstomi kiekvienos šalies įpareigotos institucijos.  Trūkstamą apyvartinių taršos leidimų kiekį įmonės galės nusipirkti aukcionuose, biržose bei tiesiogiai iš kitų įmonių, turinčių apyvartinių taršos leidimų perteklių. Neįsigijus pakankamo kiekio apyvartinių taršos leidimų, įmonės turės mokėti 40 eurų/t (CO2 emisijų) baudą.

Taigi, Europoje formuojasi visai nauja ir unikali rinka, nei viena ES šalis šioje srityje neturi didesnės patirties ir Lietuva šioje vietoje neatsilieka nuo kitų šalių.

Nacionalinis apyvartininių taršos leidimų paskirstymo 2005-2007 metams planas patvirtintas LR Aplinkos ministro įsakymu 2004m. gruodžio 27d. Apyvartinius taršos leidimus yra gavę energiją generuojantys įrengimai, kurių instaliuota galia viršija 20 MW. Iš viso apyvartiniai taršos leidimai yra paskirstyti 93 Lietuvos įrengimų operatoriams.

Anglies dvideginis (CO2) iki šiol nebuvo laikomas teršalu Lietuvoje. Šis teršalas susidaro deginant bet kokį kurą ir priklauso tik nuo sudeginto kuro kiekio ir rūšies, bet ne nuo degiklių kokybės ar filtrų, galinčių mažinti kitų, „klasikinių“ teršalų kiekius. Didžiausia tarša gaunasi deginant mazutą, orimulsiją, akmens anglį ir durpes. Gamtinių dujų tarša šiuo atžvilgiu yra maždaug 30% mažesnė, o atsinaujinantys energijos ištekliai (šiaudai, mediena, kt.) laikomi neutraliu CO2 atžvilgiu kuru.

Lietuvos skirtingų šilumos gamybos įmonių tarša vienam generuotos šilumos vienetui pagal 2002 metų statistiką  svyravo nuo 25 kg CO2/MWh iki 370 kg CO2/MWh, o vidurkis buvo apie 193 kg/MWh. Dar didesnė tarša yra kurą deginančių elektros energiją generuojančių įmonių. Pramonės įmonių tarša labai priklauso nuo gaminamos produkcijos pobūdžio.

Įmonės, ateityje planuojančios investuoti į atsinaujinančių energijos išteklių panaudojimą arba į efektyvesnį energijos vartojimą,  turėtų būti pačios suinteresuotos dalyvauti apyvartinių taršos leidimų prekybos sistemoje, nes pajamos iš parduodamo apyvartinių taršos leidimų pertekliaus leis šioms investicijoms atsipirkti dar greičiau, nei iki šiol. Be to, šios įmonės ateityje išvengs planuojamų įvesti CO2 taršos mokesčių.

Lietuvos aplinkos ministerijos nutarimu, Lietuvos aplinkos apsaugos investicijų fondas (LAAIF) yra atsakingas už prekybos apyvartiniais taršos leidimais vykdymą.  Tai yra visiškai nauja veiklos rūšis fondui.

ES šalis – narė, tame skaičiuje ir naujai į ES įstojusios šalys narės iki 2004 metų kovo 31 dienos turėjo parengti apyvartinių taršos leidimų paskirstymo planą, nurodant koks bus bendras paskirstomų taršos leidimų kiekis ir kokiu principu tie taršos leidimai turėtų būti paskirstomi.

ES komisija yra nustačiusi tam tikras taršos leidimų paskirstymo gaires, iš kurių pagrindinės yra – Kioto protokole bei ES šalių tarpusavio susitarimuose nustatytų taršos ribų neviršijamas bei realaus įmonių taršos leidimų poreikių neviršijamas, įvertinant numatomą šalies ekonomikos vystymąsi bei technologinį taršos mažinimo potencialą.

Vargu ar artimiausiu metu Lietuvos ekonomika išaugs tiek, kad tarša šiltnamio efektą sukeliančiomis dujomis viršys Kioto protokole numatytą Lietuvos įsipareigojimą sumažinti taršą 8%, lyginant su 1990 metų taršos lygiu. Šiuo metu tarša šiltnamio efektą sukeliančiomis dujomis nesiekia net 40%, lyginant su 1990 metų tarša. Tačiau negalime tikėtis, kad ES Komisija suteiks Lietuvai teisę savo įmonėms padalinti daugiau apyvartinių taršos leidimų, nei mes patys sugebėsime įrodyti, kad mums jų realiai reikia. Europos Sąjunga nori išvengti situacijos, kai įmonės ES naujose narėse turės „nereikalingų“ apyvartinių taršos leidimų, kuriuos galės išmesti į rinką, neįgyvendinant jokių šiltnamio efektą sukeliančių dujų emisijas mažinančių priemonių. Yra siekiama, kad apyvartinių taršos leidimų kaina bendroje Europos rinkoje būtų pakankamai aukšta.

Rengiant apyvartinių taršos leidimų paskirstymo planą, yra labai svarbu surasti Lietuvai palankų kompromisą, vertinant ekonomikos augimą ateityje bei ateityje numatomą naudoti kurą. Įmonėms paskirsčius per mažą taršos leidimų kiekį, jos, augant energijos poreikiams bei gamybai, bus priverstos pirkti apyvartinius taršos leidimus iš kitų šalių įmonių. Tas pats bus Elektrėnų elektrinėje, Vilniaus bei Kauno elektrinėse deginant orimulsiją bei mazutą, net jei įmonėse ir bus įdiegtos degimo produktų valymo priemonės.

Taigi, įmonėms reikėtų būti atsargioms ir nepervertinti diegiamų CO2 emisijas mažinančių priemonių efekto, numatyti, kad dalis energijos bus generuojama, deginant rezervinį, didesnes emisijas sukeliantį kurą, taip pat įmonės turėtų numatyti galimą plėtrą, uždarant mažesnes katilines ir centralizuojant energijos gamybą. Pramonės įmonės turėtų nenuvertinti gamybos plėtros ateityje.

 UAB „COWI Baltic“  parengė apyvartinių taršos leidimų planą. Jį rengiant su įmone bendradarbiavo Lietuvos energetikos ir aplinkosaugos specialistai, LAAIF konsultantai, Ūkio bei Aplinkos ministerijų, pramonininkų konfederacijos, energetikų atstovai. Vyko pozicijų derinimas su kitomis Baltijos šalimis, ES Komisija, renkama statistinė informacija iš Lietuvos įmonių.

Skirstant taršos leidimus energijos generavimo įmonėms, buvo nustatytas apyvartinių taršos leidimų kiekis vienai generuojamos šilumos bei elektros MWh. Taigi, įmonės, naudojančios didesnę dalį „švaraus“ kuro, jau nuo 2005 metų pradžios turės taršos leidimų perteklių, kurį galės parduoti kitoms ES įmonėms. Taršos leidimų kiekis neribos energetikos įmonių plėtros, kadangi didėjant generuojamos energijos kiekiui, augs ir gaunamų taršos leidimų kiekis. Tai ypač aktualu elektros generavimo įmonėms, pakeičiančioms Ignalinos AE generuojamą elektros energiją.

Tuo tarpu pramonės įmonėms taršos leidimai yra suteikiami atsižvelgiant į kuro naudojimą praeityje bei numatomą gamybos plėtrą ateityje. Taigi, kuo įmonių kuro sąnaudos praeityje buvo didesnės, tuo jos gauna daugiau apyvartinių taršos leidimų.