Lietuvos aplinkos apsaugos investicijų  fondas (toliau – LAAIF) buvo įsteigtas 1996 m. lapkričio 11 d. remiantis Lietuvos Respublikos viešųjų įstaigų įstatymu. LAAIF steigėjas – Lietuvos Respublikos aplinkos ministerija.

Viena pagrindinių LAAIF funkcijų – teikti finansinę paramą privačiam ir visuomeniniam sektoriui aplinkos taršos mažinimo projektams įgyvendinti. Per 20 gyvavimo metų LAAIF finansavo įvairių atmosferos, vandenų taršos mažinimo, atliekų tvarkymo projektų, tarp jų katilinių rekonstrukcijos, nuotekų tvarkymas, naudotų padangų ar elektrotechnikos perdirbimas, biodujų gamybos iš biomasės, vėjo, saulės jėgainių statyba, šilumos siurblių diegimas ir daugelis kitų.

2002 m. Lietuvos Respublikos Seimui ratifikavus Jungtinių Tautų bendrosios klimato kaitos konvencijos Kioto protokolą, LAAIF pradėjo vystyti ir antrąją veiklos kryptį – LR Aplinkos ministro įsakymu (2003 12 02 Nr. 607) LAAIF pavesta vykdyti Kioto protokolo mechanizmų bei su tuo susijusių ES teisės aktų reikalavimų įgyvendinimą. Šiuo metu Apyvartinių taršos leidimų registre sąskaitas turi daugiau kaip 100 teršiančių įrenginių. Įsidiegusios mažiau taršias technologijas, įmonės mažina išmetamus teršalus, o sutaupytus leidimus gali parduoti. Kuo efektyvesnio aplinkosaugai skirtų lėšų panaudojimo siekiama ir Bendrai įgyvendinamais projektais.

Nuo 2010 metų LAAIF suteiktos atsakingos institucijos funkcijos, administruojant Klimato kaitos specialiosios programos ir Atliekų tvarkymo programos lėšas.

2011 m. sausio 1 d. Lietuvos Respublikos aplinkos ministro įsakymu Nr. D1-858  LAAIF kaip viešoji  įstaiga buvo pertvarkyta į biudžetinę įstaigą, savininko teises ir pareigas suteikiant Lietuvos Respublikos aplinkos ministerijai.